HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究

J4 ›› 2010, Vol. 23 ›› Issue (1): 1-5.

HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究

张玉新, 张少龙, 张庆刚

山东师范大学物理与电子科学学院

收稿日期:2009-11-17 出版日期:2010-02-20 发布日期:2010-02-20
基金资助:
国家自然科学基金(10874104); 山东省自然科学基金(Z2007A05)

Hybrid QM/MM Study on Interfacial Water Molecular Effects in the Binding of HIV-1 Protease and Inhibitors

Zhang-Yu-Xin, ZHANG Shao-Long, ZHANG Qiang-Gang

College of Physics and Electronics, Shandong Normal University.

Received:2009-11-17 Online:2010-02-20 Published:2010-02-20

摘要/Abstract

摘要：

对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法（hybrid QM/MM）的1 ns分子动力学模拟，用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为－24.93 kJ/mol和－20.29 kJ/mol，表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用。

关键词: hybrid QM/MM方法, AM1方法, W301水分子, 结合自由能, MM-GBSA

中图分类号:

O641.12

张玉新, 张少龙, 张庆刚. HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究[J]. J4, 2010, 23(1): 1-5.

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