山东新分布药用植物碎米桠的DNA条形码分子鉴定

doi:10.3976/j.issn.1002-4026.2022.04.003

山东科学 ›› 2022, Vol. 35 ›› Issue (4): 15-20.doi: 10.3976/j.issn.1002-4026.2022.04.003

山东新分布药用植物碎米桠的DNA条形码分子鉴定

葛俊伟¹(), 李平², 张童童¹, 高飞¹, 王文越¹, 王钧楠², 孙稚颖¹^,^*()

1. 山东中医药大学,山东济南 250355
2. 北京中医药大学,北京 102488

收稿日期:2021-07-13 出版日期:2022-08-20 发布日期:2022-07-25
通信作者: 孙稚颖 E-mail:1308440902@qq.com;szyww@126.com
作者简介:葛俊伟(1997—),男,硕士研究生,研究方向为中药资源学。E-mail: 1308440902@qq.com
基金资助:
山东省中医药科技发展计划(2017-516);山东省中医药科技发展计划(2019-0973);2017年中医药公共卫生服务补助专项(财社(2017)66号);2021年山东省林业改革发展资金专项(鲁财预指(2021)1号)

Molecular identification of a newly discovered medicinal plant, Isodon rubescens, in Shandong using DNA barcoding

GE Jun-wei¹(), LI Ping², ZHANG Tong-tong¹, GAO Fei¹, WANG Wen-yue¹, WANG Jun-nan², SUN Zhi-ying¹^,^*()

1. Shandong University of Traditional Chinese Medicine, Jinan 250355, China
2. Beijing University of Traditional Chinese Medicine, Beijing 102488,China

Received:2021-07-13 Online:2022-08-20 Published:2022-07-25
Contact: SUN Zhi-ying E-mail:1308440902@qq.com;szyww@126.com

摘要/Abstract

摘要：

利用DNA条形码技术,对一种在山东省中药资源普查中发现的形态鉴定较困难的植物进行了分子鉴定。首先对样本进行总DNA提取,核ITS2 序列、叶绿体psbA-trnH序列的PCR扩增和测序,然后将所得序列用Chromasv校对拼接,利用软件MEGA6.0分析数据。结果表明,该物种为山东新分布唇形科香茶菜属植物碎米桠。该研究为山东省新分布种碎米桠的确定及其资源开发提供了重要证据。

关键词: 山东新分布, 碎米桠, DNA条形码, 分子鉴定

Abstract:

DNA barcoding method was carried out to identify a species, which was discovered during field medicinal resource investigation in Shandong and difficult to identify using morphological characters. First, the total DNA was extracted from the samples. Then, the sequences of internal transcribed spacer region 2 and psbA-trnH were amplified and sequenced using polymerase chain reaction. Next, the obtained sequences were proofread and spliced using Chromasv, and the software MEGA 6.0 was used to analyze the data. Consequently, the studied species was identified as Isodon rubescen (Hemsl.) Hara using the DNA barcoding method. This study provides important evidence regarding the identification of a newly discovered species, Isodon rubescens, in Shandong and its medicinal resource development.

Key words: newly discovered species in Shandong, Isodon rubescens (Hemsl.) Hara, DNA barcoding, molecular identification

中图分类号:

R282.5

葛俊伟, 李平, 张童童, 高飞, 王文越, 王钧楠, 孙稚颖. 山东新分布药用植物碎米桠的DNA条形码分子鉴定[J]. 山东科学, 2022, 35(4): 15-20.

GE Jun-wei, LI Ping, ZHANG Tong-tong, GAO Fei, WANG Wen-yue, WANG Jun-nan, SUN Zhi-ying. Molecular identification of a newly discovered medicinal plant, Isodon rubescens, in Shandong using DNA barcoding[J]. Shandong Science, 2022, 35(4): 15-20.

图/表 6

表1

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参考文献 23

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条形码名称	引物名称	引物序列(5'-3')
ITS2	ITS2F	ATGCGATACTTGGTGTGAAT
	ITS3R	GACGCTTCTCCAGACTACAAT
psbA-trnH	psbAF	GTTATGCATGAACGTAATGCTC
	trnHR	CGCGCATGGTGGATTCACAATCC

样品	ITS2差异位点
样品	21	22	32	42	43	71	202
wz1	C	A	C	-	-	T	-
wz2	*	*	*	*	*	*	*
wz3	*	*	*	*	*	*	*
smy-JQ389511	*	*	*	*	*	*	*
smy-KF032250	*	*	*	*	*	*	*
smy-KT285125	*	*	*	*	*	*	*
smy-JQ389509	*	*	*	*	*	*	*
nzx-KF032264	A	C	A	G	G	C	C
nzx-KF032265	A	C	A	G	G	C	C
nzx-KF032266	A	C	A	G	G	C	C

样品	psbA-trnH差异位点
样品	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	149	265	266	267	268	328	334	335	336	337	368	372	373	374	375	376	377	378	379	380	381	382	383	384	385	386	387	388	389	390	391
wz1	A	T	A	A	C	T	T	C	C	C	C	T	T	C	T	T	A	A	T	A	T	G	C	C	A	A	G	T	G	G	A	T	C	A	A	G	G	C	A	G	T
wz2	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*
wz3	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*
smy-KF513119	*	*	*	*	T	*	*	*	*	*	A	*	*	*	*	*	-	-	-	-	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*
smy-KF855542	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	A	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
nzx-FJ513099	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	A	-	-	-	-	G	*	*	*	*	G	A	*	*	G	*	*	*	*	A	*	*	G	*	*	*	*	G	G	A	*
nzx-KF032288	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	A	-	-	-	-	G	*	*	*	*	G	A	*	*	G	*	*	*	*	A	*	*	G	*	*	*	*	G	G	A	*

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